OSIS ( Organisasi Siswa Intra Sekolah ) merupakan satu-satunya organisasi kesiswaan yang berada di lingkungan sekolah. Tujuan didirikannya OSIS adalah untuk melatih siswa dalam berorganisasi dengan baik dan menjalankan kegiatan sekolah yang berhubungan dengan siswa. Kegiatan yang dilaksanakan oleh OSIS dapat dibagi atas 2 macam kegiatan, yaitu kegiatan rutin dan kegiatan insidentil. Contoh kegiatan rutin adalah melaksanakan peringatan Hari Besar Agama, peringatan Hari Nasional, Latihan Kepemimpinan, Peringatan hari Jadi Sekolah, dan Masa Orientasi Siswa baru. Sedangkan contoh kegiatan insidentil yang pernah dilaksanakan adalah kegiatan Apresiasi Sastra yang dilaksanakan pada tahun 2005 dengan mendatangkan sastrawan terkemuka Indonesia yaitu Taufiq Ismail, Reuni Akbar bertepatan dengan Hari Jadi Sekolah yang ke-40 yang dilaksanakan oleh OSIS bersama alumni. Susunan pengurus OSIS terdiri atas Pengurus Inti dan 8 Seksi. Kepengurusan OSIS ini selalu diganti setiap tahun karena siswa kelas XII diharapkan tidak disibukkan dengan kegiatan ini karena mereka harus lebih konsentrasi untuk persiapan ujian akhir. Sebagai institusi pendidikan yang mengutamakan kualitas lulusannya, SMAN 1 Tarakan memberi kesempatan bagi pengurus OSIS untuk mengembangkan kemampuan dan kreatifitasnya dalam menjalankan kegiatannya, karena dari organisasi di tingkat sekolah ini kelak akan lahir calon-calon pemimpin bangsa di masa depan.